太医之用水来源皆为台湾自来水公司，在现今极端气候影响之下，旱季越来越长。为降低缺水风险，在符合法令及园区规范之前提下，太医结合冷凝水回收、中水接管、提高冷却水塔循环倍率、制程水循环使用等措施，大幅减少整体用水量。截至2024年为止，用水回收率均维持在70％以上。
此外，为避免废水对社区环境造成冲击，太医已设置废水处理监控系统，管控废污水之水质水量，并每半年委由合格检测厂商进行废污水水质检测及依规定申报。 2024年太医所排放之废水皆符合科学园区纳管排放标准。
此外，为避免废水对社区环境造成冲击，太医已设置废水处理监控系统，管控废污水之水质水量，并每半年委由合格检测厂商进行废污水水质检测及依规定申报。 2024年太医所排放之废水皆符合科学园区纳管排放标准。
单位：吨
| 年度 | 2022年 | 2023年 | 2024年 |
|---|---|---|---|
| 自来水用水量（取水量） | 57,754 | 54,576 | 54,500 |
| 中水用水量 | 10,412.5 | 9,593 | 9,811 |
| 总用水量 | 68,166.5 | 64,169 | 64,311 |
| 自来水用水强度 | 0.0264 | 0.0235 | 0.0232 |
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