太醫之用水來源皆為台灣自來水公司，在現今極端氣候影響之下，旱季越來越長。為降低缺水風險，在符合法令及園區規範之前提下，太醫結合冷凝水回收、中水接管、提高冷卻水塔循環倍率、製程水循環使用等措施，大幅減少整體用水量。截至2024年為止，用水回收率均維持在70％以上。
此外，為避免廢水對社區環境造成衝擊，太醫已設置廢水處理監控系統，管控廢污水之水質水量，並每半年委由合格檢測廠商進行廢污水水質檢測及依規定申報。2024年太醫所排放之廢水皆符合科學園區納管排放標準。
此外，為避免廢水對社區環境造成衝擊，太醫已設置廢水處理監控系統，管控廢污水之水質水量，並每半年委由合格檢測廠商進行廢污水水質檢測及依規定申報。2024年太醫所排放之廢水皆符合科學園區納管排放標準。
單位：噸
| 年度 | 2022年 | 2023年 | 2024年 |
|---|---|---|---|
| 自來水用水量（取水量） | 57,754 | 54,576 | 54,500 |
| 中水用水量 | 10,412.5 | 9,593 | 9,811 |
| 總用水量 | 68,166.5 | 64,169 | 64,311 |
| 自來水用水密集度(噸/仟元) | 0.0264 | 0.0235 | 0.0232 |
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